בית הכנסת "היכל משה" נוסד בשנת התשי"ב (1952) כאגודה עותמנית תחת השם "בית הכנסת המרכזי", ע"י אנשי המזרחי והפועל המזרחי, אשר רובם ככולם עלו ארצה מאירופה, לפני, בזמן ולאחר מלחמת העולם השניה. בשנת התשמ"ח (1988), עם קבלת חוק העמותות, הפכה האגודה לעמותה רשומה בישראל והתרומות לעמותה מוכרות לצרכי מס הכנסה.
העמותה ובית הכנסת מתנהלים על ערכי וברוח הציונות הדתית.

בפסח התשי"ט (1959) נחנך מבנה בית הכנסת, המשמש אותו עד היום. בשנת התשנ"ב הוחלט לקרוא את בית הכנסת בשם "היכל משה", על שמם של הנדבנים טובה ומשה בורנשטיין ז"ל.
עם הקמתו, כלל בית הכנסת כ- 850 מושבים. לפני כ-45 שנה, החל מעבר של משפחות רבות אל מחוץ לעיר ומספר המתפללים פחת באופן משמעותי. בשיפוץ שנערך בבית הכנסת לפני כשנה, הופחת מספר המקומות לכ - 550.

בשנת התשס"ז (2007) הצטרפה לקהילת בית הכנסת קבוצת זוגות צעירים תורניים בוגרי "הסדר" והישיבה הגבוהה בבית אל, אשר שמה לה למטרה לחזור ולהגדיל את קהילת בית הכנסת, ע"י העתקת מגוריהם לסביבת בית הכנסת, עידוד זוגות צעירים נוספים לעבור לגור בסביבה וקירוב התושבים שאינם שומרי מסורת אל ערכי היהדות. פעילותם הרבה אכן הביאה להצטרפות צעירים רבים ולגידול משמעותי במספר המתפללים. על פעילויותיהם הרבות בלשונית "הגרעין".